Encuentros
La JONC desarrolla su actividad en encuentros de trabajo intensivo. Un encuentro es una concentración de todos los miembros de la orquesta en una ciudad determinada durante un periodo de tiempo que acostumbra a ser de 7 a 15 días.
Durante estos días se cuenta con la presencia de un equipo de profesores provenientes de varios conservatorios y orquestas tanto de España como del resto de Europa. Estos profesores realizan un trabajo individual minucioso para preparar el repertorio escogido. Una vez los profesores acaban su estancia, el trabajo continúa con los ensayos tutti y finaliza con los conciertos que la JONC ofrece al final de cada encuentro.
Además de las clases y ensayos, los encuentros se complementan con otras actividades formativas como conferencias, coloquios, proyecciones, conciertos de profesores o conciertos de música de cámara.
Encuentros de pasajes
Se realizan una vez al año y su finalidad es el estudio minucioso de los pasajes orquestales, que son una parte esencial de las audiciones de acceso a cualquier orquesta y normalmente tienen una dificultad extrema para todos los instrumentos. Este estudio culmina con un simulacro de audición donde un tribunal analiza y comenta la prueba de cada candidato. De esta manera, los músicos de la JONC tienen más herramientas para preparar futuras audiciones en su carrera profesional.
Encuentros de cámara
Los encuentros de música de cámara tienen la misma estructura que los encuentros sinfónicos pero se dedican a trabajar repertorio de cámara. Para ello se dividen los miembros de la JONC en pequeñas formaciones como cuartetos, quintetos o en orquestas con formato de cámara. El trabajo que se hace con la música de cámara es mucho más individualizado y repercute positivamente en todos los músicos de la orquesta y por consiguiente en el resultado del conjunto a la hora de afrontar el repertorio sinfónico.